Étiquette : CRISPR

Restauration des cellules souches hématopoïétiques : Une approche novatrice pour la médecine régénérative

Les populations cellulaires hématopoïétiques dans la moelle osseuse se détériorent avec l’âge, ce qui affecte négativement la production de cellules immunitaires et de globules rouges. Étant donné l’importance de la dysfonction du système immunitaire dans le vieillissement, il est considéré essentiel de restaurer les populations hématopoïétiques à une compétence juvénile. Plusieurs axes de recherche se concentrent sur cet objectif, dont l’un est le remplacement, c’est-à-dire la livraison d’une population fonctionnelle de cellules souches hématopoïétiques dans la moelle osseuse, avec le soutien nécessaire pour que ces cellules survivent et s’engagent. Cela nécessite la capacité de générer de manière fiable et rentable des cellules souches hématopoïétiques à partir de cellules souches pluripotentes induites à partir d’un échantillon de tissu fourni par le receveur. La plupart des autres capacités nécessaires pour établir cette forme de thérapie existent, mais la fabrication de cellules souches hématopoïétiques reste un défi. Les chercheurs proposent ici une approche spécifique.

Les cellules souches hématopoïétiques (CSH) possèdent la capacité de reconstituer à long terme toutes les lignées sanguines et de générer tous les types de cellules sanguines. Ainsi, la génération in vitro de CSH reste un objectif central en médecine régénérative. Malgré de nombreux efforts et des avancées récentes dans le domaine, il n’existe toujours pas de protocole robuste, reproductible et efficace pour générer des CSH authentiques in vitro. Cela suggère que certains éléments régulateurs n’ont pas encore été découverts.

Les chercheurs présentent ici une approche novatrice et impartiale pour identifier les composants endogènes permettant de spécifier les CSH à partir de cellules souches pluripotentes. Ils ont effectué un criblage d’activateurs CRISPR à l’échelle du génome lors de la différenciation mésodermique à partir de cellules souches embryonnaires murines (CSEM). Après différenciation in vitro, les précurseurs KDR+ mésodermiques ont été transplantés dans des souris NSG immunodéficientes primaires et secondaires. Cette approche a permis d’identifier sept gènes (Spata2, Aass, Dctd, Eif4enif1, Guca1a, Eya2, Net1) qui, lorsqu’ils sont activés durant la spécification mésodermique, induisent la génération de cellules souches et progénitrices hématopoïétiques (CSPH). Ces cellules sont capables d’engagements en série et de production multilinéaire (érythroïde, myéloïde, lymphoïde T et B) in vivo. Le séquençage d’ARN à cellule unique a révélé que l’activation de ces sept gènes biaise les corps embryonnaires vers un développement intraembryonnaire, plutôt que vers un développement extraembryonnaire, augmentant le nombre de progéniteurs mésodermiques capables de générer des CSH. Nos résultats soulignent l’importance de la différenciation lors de la spécification de la première couche germinale pour générer des cellules souches sanguines définitives. Source : https://www.fightaging.org/archives/2025/05/a-recipe-to-produce-hematopoietic-stem-cells-from-embryonic-stem-cells/

Microglies humaines modifiées par CRISPR : Une avancée dans le traitement de la maladie d’Alzheimer et d’autres maladies du SNC

Une équipe de chercheurs de l’Université de Californie, Irvine, a développé une méthode innovante pour administrer des protéines thérapeutiques au cerveau en utilisant des microglies humaines modifiées, dérivées de cellules souches pluripotentes induites (iPSCs). Ces cellules modifiées servent de systèmes de livraison de médicaments vivants, capables de détecter l’accumulation de plaques amyloïdes, un signe distinctif de la maladie d’Alzheimer, et de répondre en produisant une enzyme dégradant l’amyloïde, la néprilysine, à proximité de la pathologie. L’un des défis majeurs dans le traitement des maladies neurodégénératives est la barrière hémato-encéphalique (BHE), qui limite l’efficacité de l’administration systémique des médicaments. L’approche développée par le groupe de l’UC Irvine contourne cette barrière en transplantant des microglies déjà présentes dans le système nerveux central (SNC), qui peuvent réagir de manière dynamique aux états pathologiques. Les microglies modifiées utilisent le promoteur CD9, un interrupteur génétique réactif à la pathologie, pour activer l’expression de la néprilysine uniquement à proximité des plaques amyloïdes. Cette étude, publiée dans la revue Cell Stem Cell, démontre le potentiel des microglies humaines modifiées comme une plateforme dynamique de livraison de médicaments à l’échelle du cerveau. En associant des microglies dérivées d’iPSC modifiées par CRISPR avec des promoteurs réactifs à la pathologie, l’équipe a développé un système capable de détecter les plaques amyloïdes et de répondre par une livraison ciblée d’enzymes thérapeutiques, une avancée tant recherchée dans la recherche sur l’Alzheimer. Ce qui est particulièrement intéressant, c’est la nature autorégulatrice de la thérapie, avec une sécrétion de néprilysine proportionnelle à la charge de la maladie, et sa capacité à atténuer non seulement la charge de plaques, mais aussi les signes de neuroinflammation et de perte synaptique, des résultats étroitement liés au déclin cognitif. Ce ciblage précis pourrait être crucial pour éviter les effets secondaires systémiques qui ont entravé les approches biologiques précédentes. Cependant, plusieurs obstacles restent à surmonter avant la traduction clinique : la durabilité de l’effet chez l’humain, la différenciation et l’édition à grande échelle des iPSC, et les voies réglementaires pour les thérapies cellulaires vivantes dans le SNC. De plus, bien que la transplantation autologue – utilisant les propres cellules d’un patient – offre une voie vers l’immunocompatibilité, cela limite plutôt la scalabilité. Ce qui est nécessaire ensuite, c’est une exploration minutieuse de la sécurité, des méthodes de livraison alternatives et peut-être une expansion à d’autres maladies du SNC liées à l’âge, comme la maladie de Parkinson ou la sclérose en plaques, des domaines où cette plateforme polyvalente montre des promesses précoces. En tant que preuve de concept, ce travail élargit considérablement les outils pour cibler la neurodégénérescence dans le cerveau vieillissant, avec des implications significatives pour la durée de santé et la longévité. Pour évaluer l’efficacité, les chercheurs ont utilisé un modèle murin de la maladie d’Alzheimer génétiquement modifié pour permettre l’engraftement de microglies humaines dans tout le cerveau. Ces souris ont montré une expression de néprilysine réactive à la pathologie spécifiquement aux sites des plaques amyloïdes, entraînant des réductions significatives des formes solubles et insolubles de l’amyloïde-bêta, y compris les oligomères neurotoxiques les plus étroitement associés à la dysfonction synaptique. Il est important de noter que le bénéfice thérapeutique ne se limitait pas à la proximité des cellules transplantées. « Remarquablement, nous avons découvert que le placement des microglies dans des zones cérébrales spécifiques pouvait réduire les niveaux d’amyloïde toxique et d’autres neuropathologies associées à la maladie d’Alzheimer dans tout le cerveau », a déclaré Jean Paul Chadarevian, chercheur postdoctoral au laboratoire de Blurton-Jones et premier auteur de l’étude. « Et parce que la protéine thérapeutique n’était produite qu’en réponse aux plaques amyloïdes, cette approche était très ciblée mais largement efficace. » De plus, des analyses ont révélé des effets bénéfiques s’étendant à de multiples pathologies secondaires. Des protéines synaptiques telles que la synaptophysine et le PSD-95 ont été préservées, les marqueurs de neuroinflammation tels que le GFAP et les cytokines pro-inflammatoires ont été réduits, et la chaîne légère de neurofilaments plasmatique – un biomarqueur circulant de dommage neuronal – a diminué de manière significative chez les animaux traités. La conception de l’étude va au-delà de la maladie d’Alzheimer ; les chercheurs ont également testé les microglies modifiées dans des modèles murins de métastases cérébrales et de démyélinisation. Dans ces contextes, les microglies ont adopté des états transcriptionnels distincts en réponse à la pathologie spécifique de la maladie, suggérant que la même plateforme de livraison pourrait être adaptée pour traiter d’autres maladies du SNC. Les cellules modifiées ont montré des preuves de réponse à des signaux associés aux tumeurs ou spécifiques à la démyélinisation, les positionnant comme des véhicules polyvalents pour une livraison précise dans divers environnements neuropathologiques. Comme l’a expliqué Mathew Blurton-Jones, professeur de neurobiologie et de comportement à l’UC Irvine et co-auteur de l’étude : « Livrer des biologiques au cerveau a longtemps été un défi majeur en raison de la barrière hémato-encéphalique. Nous avons développé un système de livraison vivant et programmable qui contourne ce problème en résidant dans le cerveau lui-même et en ne répondant que lorsque et où il est nécessaire. » Dans cette approche, l’ingénierie CRISPR a été utilisée pour intégrer des gènes thérapeutiques en aval de promoteurs natifs, garantissant que des protéines telles que la néprilysine ne soient exprimées que sous les signaux moléculaires de la maladie. Contrairement aux vecteurs viraux ou aux perfusions biologiques continues, qui peuvent provoquer des réponses immunitaires ou des effets hors cible, le système microglial offre le potentiel d’un contrôle spatial et temporel du traitement au sein du SNC. « Ce travail ouvre la voie à une toute nouvelle classe de thérapies cérébrales », a déclaré Robert Spitale, professeur de sciences pharmaceutiques à l’UC Irvine et co-auteur de l’étude. « Au lieu d’utiliser des médicaments synthétiques ou des vecteurs viraux, nous faisons appel aux cellules immunitaires du cerveau comme véhicules de livraison de précision. » Bien que les résultats représentent une avancée significative dans le domaine du traitement des maladies neurodégénératives, leur traduction en utilisation clinique nécessitera encore des travaux supplémentaires. Les complexités immunologiques et logistiques de la thérapie cellulaire autologue, la variabilité potentielle des iPSC dérivées des patients et la sécurité à long terme des cellules modifiées par génome dans le cerveau sont toutes des questions critiques. Néanmoins, la démonstration que les microglies humaines peuvent être exploitées in vivo pour livrer des charges thérapeutiques de manière sélective et durable marque une avancée importante dans le développement de stratégies régénératives pour prolonger la durée de vie en bonne santé du SNC. Les efforts futurs exploreront probablement des applications élargies à d’autres conditions neurodégénératives, des améliorations des méthodes de livraison et la possibilité d’interventions multiplexées. À mesure que le domaine passe de la preuve de concept à l’application pratique, les microglies modifiées pourraient jouer un rôle croissant dans la définition de la prochaine génération de thérapies axées sur la longévité. Source : https://longevity.technology/news/engineered-microglia-offer-precision-delivery-for-brain-therapies/

Impact colossal de la souris laineuse sur la longévité humaine

Colossal Biosciences, une entreprise de biotechnologie spécialisée dans la dé-extinction, a réalisé une avancée majeure dans son projet de revitalisation de l mammouth laineux et d’autres espèces disparues grâce à l’édition génétique CRISPR. L’entreprise a récemment présenté le Colossal Woolly Mouse, un modèle de souris génétiquement modifié qui exprime de nombreuses caractéristiques semblables à celles des mammouths, adaptées aux environnements froids. En modifiant simultanément sept gènes, la souris laineuse présente des traits distinctifs, tels que des modifications de la longueur, de la texture, de l’épaisseur et de la couleur des poils, imitant les adaptations clés observées chez les mammouths. Ce projet représente un progrès significatif dans l’ingénierie génétique, non seulement pour la dé-extinction, mais également pour la santé humaine et la longévité. En introduisant plusieurs traits semblables à ceux des mammouths dans les souris, Colossal a démontré la puissance de l’édition génomique multiplex, une technique qui pourrait également s’appliquer à la santé humaine, notamment pour traiter les processus de vieillissement complexes impliquant plusieurs gènes. Ben Lamm, PDG de Colossal, a souligné que bien que l’entreprise se concentre actuellement sur les espèces animales, les avancées réalisées pourraient avoir un impact futur sur les soins de santé humains, en particulier dans les domaines de la longévité et de la santé. L’édition précise de plusieurs gènes marque un tournant dans la recherche génétique, passant des thérapies à gène unique à une approche plus sophistiquée capable de modifier des traits biologiques complexes. Le développement de la souris laineuse a impliqué l’édition de sept gènes pour produire des caractéristiques comme des poils plus longs et plus épais, des changements dans l’expression de la mélanine affectant la couleur du pelage, et des altérations du métabolisme lipidique. Ces modifications ont été guidées par des informations provenant des génomes de mammouths vieux de plus d’un million d’années, illustrant un niveau de précision et d’efficacité pouvant se traduire par des applications médicales chez l’homme. De nombreuses maladies liées à l’âge, notamment les troubles neurodégénératifs, les maladies cardiovasculaires et les syndromes métaboliques, ont des bases génétiques complexes nécessitant des interventions ciblées sur plusieurs gènes. Les méthodes développées pour la souris laineuse, telles que l’édition génétique CRISPR à haute efficacité, la sélection de cibles guidée par la biologie computationnelle et la synthèse avancée de l’ADN, offrent un cadre potentiel pour relever ces défis en médecine humaine. L’édition de plusieurs sites dans le génome avec un haut degré de précision pourrait ouvrir de nouvelles voies pour traiter des maladies actuellement incurables. Les innovations réalisées dans le projet de souris laineuse pourraient également aboutir à des thérapies adaptées à l’ADN d’un individu, atténuant les effets du vieillissement au niveau cellulaire. Au-delà du traitement des maladies, la recherche sur la souris laineuse offre des perspectives sur les mécanismes biologiques qui gouvernent l’adaptation et la résilience. Les processus qui ont permis aux mammouths de prospérer dans des conditions glaciales pourraient détenir des indices pour améliorer la résilience physiologique humaine. Des modifications génétiques qui améliorent la tolérance au froid, altèrent le métabolisme ou renforcent les mécanismes de réparation cellulaire pourraient être réutilisées pour aborder le déclin lié à l’âge, optimiser la santé humaine ou même préparer les humains à des environnements extrêmes, comme le voyage spatial. George Church, co-fondateur de Colossal et professeur de génétique à l’Institut Wyss et à la Harvard Medical School, a déclaré que le Colossal Woolly Mouse illustre les avancées remarquables réalisées dans l’ingénierie génomique précise, y compris les méthodes de livraison optimisées, le multiplexage innovant et les combinaisons de stratégies de ciblage génique. L’objectif est de démontrer qu’il est désormais possible de concevoir et de construire rationnellement des adaptations génétiques complexes, avec des implications profondes pour l’avenir de la dé-extinction multi-gène et de l’ingénierie. Source : https://longevity.technology/news/woolly-mouse-could-have-colossal-impact-on-human-longevity/

Evo 2 : Un Modèle d’IA Révolutionnaire pour la Compréhension des Génomes

L’Arc Institute, une organisation de recherche à but non lucratif, a publié un manuscrit sur la création d’Evo 2, un modèle d’IA fondamental capable de comprendre et de construire des génomes complets d’organismes. Ce modèle se distingue par sa taille sans précédent, ayant été formé sur des organismes eucaryotes, incluant ainsi une vaste gamme d’organismes allant des amibes aux êtres humains, avec un ensemble de formation contenant 9,3 trillions de paires de bases. Les chercheurs ont développé deux variantes d’Evo 2, l’une avec 7 milliards de paramètres et l’autre avec 40 milliards de paramètres, utilisant une fenêtre de contexte d’un million de paires de bases. Ce modèle est open source, incluant le code d’entraînement, le code d’inférence, ainsi que les paramètres et les données d’entraînement provenant d’OpenGenome2. Le manuscrit décrit en détail le processus d’entraînement du modèle, qui a été conçu pour prédire la prochaine paire de bases d’ADN, en s’inspirant des modèles de langage de grande taille. Evo 2 a montré la capacité de prédire les effets des mutations sur les fonctions essentielles, une première pour les eucaryotes, en apprenant à évaluer la probabilité que des mutations affectent les codons de début et de fin. Les chercheurs ont validé cette capacité en testant les prédictions contre des séquences d’ARN connues. L’analyse a révélé que le modèle de 40 milliards de paramètres était nettement plus performant que celui de 7 milliards. Evo 2 a été capable de prédire des mutations dans le gène BRCA1, qui sont souvent liées à des cas de cancer du sein, surpassant même des modèles spécialisés. En plus de ses capacités prédictives, les chercheurs ont également examiné le processus de pensée d’Evo 2, qui a pu identifier des caractéristiques associées aux séquences phagiques liées à CRISPR dans les bactéries E. coli. Le modèle a réussi à reconnaître des mutations de décalage de cadre et des codons d’arrêt prématurés, tout en identifiant des exons et des introns dans le génome du mammouth laineux, malgré le fait qu’il n’ait jamais été formé sur ce dernier. En tant qu’IA générative, Evo 2 a été utilisé pour générer des génomes, qui possédaient de nombreuses caractéristiques naturelles. Cependant, les chercheurs n’ont pas créé de structures physiques basées sur les sorties d’Evo 2, mais ils estiment que le modèle pourrait, avec un entraînement approprié, être utilisé pour générer des structures génétiques efficaces. Pour éviter que ce modèle open source ne soit utilisé à des fins de bioterrorisme, les chercheurs ont exclu intentionnellement les maladies infectieuses de l’ensemble de formation et ont testé le modèle pour s’assurer qu’il ne pouvait pas générer de résultats utiles concernant ces maladies. Malgré cela, ils reconnaissent qu’il est impossible d’empêcher des personnes mal intentionnées de former le modèle avec de telles données. Evo 2 pourrait avoir des avantages significatifs pour le diagnostic et le traitement de la dysfonction mitochondriale et de l’instabilité génomique, en identifiant et en comprenant mieux les mutations liées à l’âge. Bien que rien n’ait encore été réalisé à partir des résultats d’Evo 2, ce modèle pourrait potentiellement être utilisé pour des thérapies géniques ciblées. Le manuscrit a été publié sur le site web de l’Arc Institute, et bien qu’il ne soit pas passé par un processus de révision par les pairs, la profondeur et le détail des explications ainsi que l’expertise des chercheurs renforcent la crédibilité de ses affirmations. En tant qu’outil open source pour la communauté de recherche, il deviendra rapidement évident si Evo 2 peut réellement contribuer à l’oncologie, au développement de traitements pour les maladies génétiques ou à des impacts directs sur le vieillissement au niveau génétique. Source : https://www.lifespan.io/news/a-generative-foundational-ai-model-for-genetics/?utm_source=rss&utm_medium=rss&utm_campaign=a-generative-foundational-ai-model-for-genetics

Tune Therapeutics : Une approche ciblée d’édition épigénétique pour la santé humaine

Tune Therapeutics est une entreprise qui se concentre sur des thérapies d’édition épigénétique ciblées pour améliorer la santé humaine. Avec 175 millions de dollars de financement, l’entreprise s’engage à utiliser l’édition épigénétique pour traiter des maladies chroniques, en se distinguant par son approche innovante. Alors que les changements épigénétiques, qui régulent l’expression des gènes, s’accumulent avec l’âge et contribuent à des maladies, Tune Therapeutics propose une technologie qui offre un contrôle précis de l’expression génique. Leur plateforme, Tempo, permet de moduler l’expression des gènes de manière ciblée, en évitant les problèmes de sécurité associés à d’autres méthodes d’édition génétique. Tune est déjà engagée dans un essai clinique de phase pour traiter l’hépatite B chronique, exploitant la capacité de leur technologie à désactiver le virus. L’approche de Tune combine des éléments de l’édition génétique et de la reprogrammation épigénétique, en utilisant une protéine CRISPR-Cas ‘décatalytique’ pour modifier les marques épigénétiques sans altérer la séquence d’ADN. En plus de l’hépatite B, l’entreprise envisage des applications dans la médecine régénérative et le contrôle du cholestérol, avec des résultats prometteurs démontrés chez des primates non humains. Le potentiel de cette technologie est jugé presque illimité, avec des aspirations d’étendre ses applications à d’autres aspects du vieillissement et de la santé humaine. Source : https://longevity.technology/news/turn-on-tune-in-bringing-precision-to-epigenetic-reprogramming/